Antwort von Epllus

Versuchs mal mit scientific-notation = true (und einer zusätzlichen 0 nach 0,0008).

\documentclass[oneside]{scrbook}

\usepackage{selinput}
\SelectInputMappings{adieresis={ä}, germandbls={ß}, Euro={€}}

\usepackage{booktabs}
\usepackage[locale=DE]{siunitx}
    \sisetup{
        group-digits=true,          %% Zifferngruppierung an/aus
        group-separator=\, ,        %% Zeichen für Zifferngruppierung
        group-minimum-digits=5,     %% Ziffern ab # Ziffern gruppieren
        detect-all, %,               %% Benutze gleiche Schriftarten wie im Text
        scientific-notation = true, 
    }

\begin{document}

\begin{table}
\begin{tabular}{
S[table-format = 1.1e1]
S[round-mode=places,round-precision=1,table-format = 1.1e1]}
\toprule
{\begin{tabular}{c} \textbf{jetziges} \\ \textbf{Format} \\  \end{tabular}} &    
{\begin{tabular}{c} \textbf{gewünschtes} \\ \textbf{Format} \\ manuell \\ erstellt \end{tabular}} 
 \\
\midrule
1,0E-06     & 1,0E-06   \\
3,6E-04    & 3,6E-04   \\
0,0069      & 6,9E-03\\
0,00080      & 8,0E-04\\
1,7E-05    & 1,7E-05\\ 
\bottomrule
\end{tabular}
\end{table}    
\end{document}